일제시대 친일행위나 부일협력, 신사참배 등에 대한 한국교회의 회개는 그동안 자체적으로도 몇 차례 있어왔다. 특히 故 한경직 목사의 경우 종교계의 노벨상이라 불리는 템플턴상을 수상하는 자리에서 신사참배를 회개해 큰 반향을 일으키기도 했다.


교단 차원에서 회개한 사례도 있다. 먼저 1920~30년대 기성교회를 비판하고 반성하며 한국인의 주체적인 신앙결단으로 시작된 기독교대한복음교회의 경우 교단 창립 71주년을 맞아 창립자인 故 최태용 목사의 친일행적에 대한 죄책을 고백했다. 당시 최태용 목사의 친일행위에 대한 사실 여부와 회개의 필요성을 놓고 많은 논쟁이 오갔으나 결국 “복음교회가 창립의 정신을 살려 한국교회 죄책 고백의 선두가 되고자 한다”는 취지에서 죄책고백 성명을 냈다.

한국기독교장로회의 경우 2007년 총회에서 신사참배를 정당화한 것에 대해 회개하고, 2007년부터 3.1절 기념주일을 ‘신사참배 회개주일’로 지키고 있다. 기장총회는 3.1절 기념주일로 회개주일을 정한 취지에 대해 “당시의 삼일운동을 가능케 했던 한국교회의 순교적 신앙을 이어받기로 결심하며, 신사참배의 죄를 회개하고 또 이를 둘러싼 교회분열의 모든 죄를 회개하여야 한다”고 밝히고 있다.

예장 통합측 평양노회의 경우 2006년 신사참배에 홀로 맞서던 주기철 목사를 파면한 것을 회개하기도 했다. 평양노회는 “우리 노회는 한국교회 신사참배의 원죄를 가지고 있다”고 눈물의 고백을 하며 주 목사를 복권했다.

이밖에 기성총회가 2007년 교단 창립 1백주년을 맞아 교단 인사들의 신사참배 가담 등을 회개하는 죄책고백문을 발표했고, 한국기독교목회자협의회의 15개 교단 소속 목회자들은 2006년 신사참배를 회개하는 성명을 발표하기도 했다.